2023.8.2-4|生物大数据时代的网络药理学研究模式学习班
在大数据背景下,随着网络药理学的影响力和应用日益广泛,网络药理学在理论分析、算法发展和实际应用等方面,面临着重要的发展机遇和挑战。整合临床、实验的海量数据,结合科学验证,揭示药物对疾病的调控机制,是网络药理学研究的主要任务。
中医药是中华民族的宝贵财富,在疾病防治方面具有独特的优势。中医整体观与以网络和系统为特征的新一代医学研究范式相吻合。中医提出了一种全新的“网络靶标”方法,即网络药理学的核心理论和方法。中医也是网络药理学的一个重要研究对象。中医网络药理学,旨在了解复杂疾病、中医证候和中药治疗的网络生物学基础,在网络药理学的起源和发展过程中起着至关重要的作用。
为更好地了解网络药理学的新进展,包括预测中药靶标,了解疾病和证候的生物学基础,中药方剂的网络调控机制,以及基于生物网络的疾病和证候标志物的识别。这些研究呈现出计算、实验和临床相结合的趋势,是未来中药网络药理学研究的一个很有前途的方向。我中心智能计算事业部特举办“生物大数据时代的网络药理学研究模式研讨班”。 培训班由我中心的一线分析工程师授课,通过技术讲座结合实验操作,展示应用实例,现场解答技术疑问,帮助学员拓展研究思路,提升科研水平和竞争力。
北京市基因测序与功能分析工程技术研究中心
云计算关键技术与应用北京市重点实验室
工业和信息化人才培养工程培训基地
北京市大数据教学实践基地
日期 | 主题 | 内容 | 备注 |
第一天 | 主题1:网络药理学研究思路 | 1、网络药理学的发展历程和研究现状简介
2、网络药理学SCI论文研读分析 3、网络药理学的研究思路及技术路线 |
理论 |
主题2:中药有效成分查找和获取 | 4、中药有效成分及靶点查找和获取
1)常用中药数据及使用:TCMSP 2)中药高通量实验和参考数据库:Herb 3)中医药证候关联数据库:SymMap 4)中医药百科全书数据库:ETCM 5、中药有效成分靶点预测的查询及获取 1)化合物与蛋白质互作:STITCH 2)中药有效成分靶点的预测:SwissTargetPrediction 3)基于有效成分结构特征靶点预测:PharmMapper 4)中药有效成分靶点的获取:反向虚拟筛选方法 6、中药分子机制研究的在线生物信息学分析工具:BATMAN-TCM |
理论+
实战 |
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第二天 | 主题3:疾病相关基因的获取 | 7、中药所治疗疾病的相关基因查找和获取
1)人类疾病与基因遗传变异数据库:OMIM 2)疾病相关的基因与突变位点数据库:DisGeNet 3)人类基因数据库:Genecards 4)治疗靶标数据库:TTD |
理论+
实战 |
主题4:网络药理学数据整理及分析 | 8、韦恩图的绘制
9、蛋白质互作网络查询和可视化分析:STRING 10、富集分析数据库:DAVID 11、Metascape功能富集分析和信号通路富集分析 12、富集GO term BP,CC,MF三合一柱状图绘制 13、通路气泡图的绘制 |
理论+
实战 |
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第三天 | 主题5:网络药理学数据可视化 |
14、网络分析软件:Cytoscape
1)分析数据导入与导出 2)基本拓扑特征计算 3)重要节点识别 4)网络拓扑指标含义 5)子网络提取 6)网络可视化 7)图形导出 8)Cytoscape插件的安装和使用 15、蛋白结构数据库及结构数据的筛选和获取:PDB、Uniport 16、小分子化合物结构信息查询:Pubchem、Drugbank 17、分子对接 1)对接软件的介绍及安装 2)小分子和蛋白结构文件的预处理 3)蛋白活性位点的确定 4)分子对接流程的介绍及实战 5)分子对接结果相互作用分析及可视化 |
理论+
实战 |
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