简单总结一下你的问题：曾经任过主任科员，后任副科实职（保留正科级）近10年，职级并行后应该如何套改？
其实，你的这种情况非常简单，职级套改与你无关。也就是说，你不需要进行职级的套改。因为你担任的是领导职务，虽然是副科级领导岗位，但享受正科级领导职务的待遇，包括政治待遇、工作待遇和生活待遇。按照公务员职务与职级并行的相关规定，担任领导职务的，不需要进行职级的套转。
不过，领导职务虽然不需要套转，但可以晋升职级。按照职级并行的规定，晋升一级主任科员，需要任乡科级正职或二级主任科员满两年以上；晋升四级调研员，需要任一级主任科员满两年以上。原任职年限可以进行一次套转，两次晋升，之后就任职年限清零，需要重新累积。
你任正科级的年限，包括任职主任科员和任副科实职（保留正科级）的年限。保留正科级的副科实职，其实也是正科级职务，任职有近10年，再加上任职主任科员的年限，总计应该在10年以上。从乡科级正职晋升到一级主任科员，需要扣除任职年限两年；从一级主任科员晋升到四级调研员，又要扣除任职年限两年；虽然任职年限还有6年以上的余额，但必须清零。
如果职级晋升的职数指标足够，那么你可以从正科级职务晋升到四级调研员，享受副处级的工资待遇，但不能享受副处级的政治待遇和工作待遇。如果你还保留正科级职务，那么还可以继续享受正科级职务的政治待遇和工作待遇。这样就既担任职务，也有职级，这也是职务与职级并行的意义所在。
当然，从你的任职经历可以大致猜测，你所在的机关大概率是县级以下机关，也有可能是市级机关，但不太可能是省级以上机关。省级以上机关一般不设科室，只设处室，一般没有科级领导职务，在处级以下晋升也是比较快的，不会出现你这样的情况。实际上，在市级以下机关，晋升职级都有职数限制，名额非常有限。在这种情况下，能够晋升一次职级就很不错了，以后能否晋升还要看机会。
以你这样的情况，接下来最有可能发生的就是以下几种情况：
晋升一级主任科员，免去正科职务。因为你本身是正科职务，而占据了副科的岗位，属于低职高配。另外，你任职时间比较长，得到晋升也是应该的。所以，晋升一级主任科员职级，而免去相应的领导职务，是最有可能的。
调整到正科领导岗位。你现在虽然是正科级职务，但是在副科的岗位，属于低职高配。如果能够调整到正科领导岗位，虽然工资待遇等等没有提高，但是实际职务也是提升了，权责加大，属于重用。调整到正科领导岗位之后，至于下一步是否晋升职级，还要看单位的具体情况。
保留现有职务，晋升一级主任科员。你任职经历比较丰富，任职年限也较高，也有可能职务保留不变，但晋升一级主任科员职级，这样也可以增加工资待遇，在政治待遇和工作待遇上维持不变。
综上所述，你现在担任副科实职（保留正科级），除了没有正科实职的权责之外，其他都与担任乡科级正职是一样的，所以不需要进行职级套改，但可以进行职级晋升。因为有“一套两晋”的政策，原任职年限可以在进行两次职级晋升后清零，以你目前任正科级10年以上的年限，最高可以晋升到四级调研员，但最可能是免去正科职务，晋升一级主任科员。
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